1、鼻窦炎(鼻渊)、过敏性鼻炎、辛夷等均可用于治疗。如果属于急性鼻窦炎，则应伴有发热、头痛、鼻流浊涕等清热药物，如石膏、黄芩等，方如苍耳散。若属慢性，可加辛夷、茜草等，方可起到消炎、减少流涕的作用。如果是过敏性鼻炎，可以配合益气汤与五味子、金缨子等一起服用，方如苍耳益气汤。对于调节补体质、改善过敏状况有一定的帮助。
2、风寒湿痹痛，关节活动不畅，疼痛部位不定，伴有威灵仙、肉桂、苍术、川芎等。
3、从外感风邪引起的头痛，也就是所谓的“头风”，头痛如劈如锥形，牵及颈后，遇风较重，可用苍耳子(兼有鼻塞者)，取其能发汗镇痛，常与防风、藁本、白芷等解表药同用。
4、治疗荨麻疹可用苍耳子水煎外洗(与茎、叶同时服用)。不能过量服用，否则容易引起中毒，中毒的症状是恶心、呕吐、低血压、腹痛。苍耳子治病验方苍耳子副作用过多使用苍耳子治疗鼻炎会导致中毒，主要表现为恶心、呕吐、肚子疼、不想吃饭、解不出尿、脸色苍白、脸浮肿、双眼无神、全身无力等症状，医院检查发现是急性肾小管间质性肾炎需要透析，严重的可致肾衰竭。
苍耳子毒性中毒后临床症状因食用苍耳子的果实、芽、饼而发病的时间不同，直接生吃苍耳子者4-8小时发病，食幼芽者1-3天发病，食幼芽者1-3天发病，食生者10-20小时发病。(1)轻度中毒:一般表现为头晕、头痛、不适、乏力、食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、腹胀、腹泻、颜面潮红、结膜充血等，停药后有时可不进行治疗，数日后可自行恢复。(2)严重中毒:早期表现为精神萎靡、烦躁不安或嗜睡、肝区痛、肝大、黄疸、发热、高血压、鼻、胃肠道广泛出血、少尿、眼睑浮肿。出现抽搐、休克、尿闭、血压下降、颈部强硬、痉挛、口吐白沫、黄疸迅速加重、肝脏急剧缩小、深度昏迷、并有肝臭味等，多数死掉。
