一般情况下,干芡实的存放在阴凉、干燥、通风较好的地方。干芡实含有丰富的淀粉,所以在贮藏过程中注意防止其受到虫蛀。防止虫蛀的方法可以是在晒干的干芡实中加入几瓣生大蒜防虫害。通常是每千克芡实放入8-10瓣生大蒜,与芡实拌匀后装入缸内盖严,这样可以保持芡实在一至两年内不受虫蛀。
新鲜芡实在常温下最多只能保存3-4个小时,这是因为芡实在在拨开后有很多水分,放在常温下,会蒸发水分,产生变色并且发出馊味。所以最好的方法是将不用的新鲜芡实放到冰箱冷藏室冰冻起来。通常是拿一个真空的袋子均匀地装入1:1的清水和芡实,封好放入冰箱的冷藏室中速冻起来,下次食用的时候解冻出来仍然是新鲜的芡实。