慢跑虽然是个很好的运动，但慢跑并不是唯一的健身、增进体能方式，也不是每个人都适合，那么哪些人不适合慢跑呢？
适当的慢跑，可加强心脏血管系统的功能，但是现代人在物质享受越来越多，身体活动量却越来越少的情况下，常常各种文明病上身而不自知，冠状动脉心脏疾病就是其中之一。因此如果有心脏疾病的危险因子，例如高血压、高胆固醇、糖尿病、肥胖、吸烟、运动量不足、家族史、A型人格特质等，或者是过去在运动中、或运动后曾经出现不适症状的人，都最好及早接受治疗、并听取医师的建议后，再决定自己是否适合慢跑、或一次可以慢跑多久的时间。
若已确定患有心脏疾病，则必须接受运动测验，来判断病情的严重程度，及安全的运动强度、运动时间等，否则引发心肌缺血、心律不齐、或其他并发症的机会很高。如果是最大摄氧量或运动能力很低、轻度运动便出现心肌缺血症状、运动心电图的测量结果很差、运动时血压太低或无法适当升高、曾发生心肌梗塞又出现心肌缺血、运动时心跳无法适当增加、运动时会出现心律不齐、有两条以上冠状动脉严重狭窄等现象的人，表示冠状动脉心脏病比较严重，慢跑时不可过于剧烈，甚至不适合自己乱做运动，最好接受治疗之后，再与医师讨论适合的运动及运动强度。
下肢体格或体能有瑕疵的人，较容易发生运动伤害，也比较不适合慢跑。例如跟腱太短或太紧，常慢跑容易产生跟腱炎；O型腿的人，慢跑容易引起大腿外侧长胫束摩擦症候群，导致外侧膝盖疼痛；膑骨容易左右晃动的人，先天肌肉力量较弱，也比较不适合慢跑。如果不知道自己是否有下肢体格或体能上的瑕疵，但慢跑过后容易有疼痛或不适症状，这是身体正在提出警讯，表示出现不适的部位可能有些问题，赶快加以治疗或矫正之后，才可运动。其他有些人在运动时可能引起腹痛、支气管痉挛或过敏等问题，也必须在找出原因之后，再继续慢跑、或选择其他适合的运动。
