肠穿孔手术通常为急诊手术，手术前要做好常规的准备，首先要禁食水、胃肠减压、尽可能地抽出胃肠道内容物、输液、静脉补充液体以保持水电解质的平衡。假如病人出现休克，还需要进行抗休克治疗，首先要做好准备，备血的目的是手术避免大出血，必要时还能改善病人的病情。
麻醉是病人手术前的一项重要步骤，可选择局部麻醉、硬膜外麻醉或全身麻醉，根据患者的病情不同，体位尽量选择平卧位。肠穿孔的手术方法有两种，常见的就是肠道修补法，以确保肠穿孔的相对安全可靠。肠穿孔可选择经腹直肌中下腹部切开。
剖腹后作腹部探查，可见到气体溢出，常有胃内容物积聚或渗出，用吸引器清洗干净，并找出穿孔部位。若不及时清除这些胃内容物，还会导致局部组织出现炎症反应，后期可延长对该病的治疗。
修复时要尽量在腹部外(切口外)做修补，用丝线缝合，缝合方向应与肠道长轴平行，避免由于缝合引起的狭窄及阻塞。修复后要进行腹腔清洗，可采用腹腔冲洗，必要时保留腹腔引流管。最终闭合腹腔，逐层缝合腹部切口。
随着临床医学技术的进步，肠穿孔后可采用腹腔镜手术治疗，这样可避免开腹术某些缺点，如创伤性小，缩短住院时间，还可提高病人的耐受性。通常情况下，肠穿孔是紧急入院的，这就要求临床医生要有足够的临床经验，对病情做出正确的判断，及时做出诊断和治疗，将并发症降到最低。
