家庭自制酸奶时，需要用到菌种来发酵，而对于菌种的选择，可以选择发酵菌粉，也可选择市售的酸奶。不过，如果用购买来的菌种自己做酸奶，可以再用来做菌种发酵两三次，如果用市场上的酸奶做种，最多可以再用一两次。
关于是用菌粉做种好还是用市售酸奶做种好，答案是均可，二者都能很好的自制出酸奶。关键是：
1、用菌粉时，加入的是冷冻干燥的菌种，它们在温暖环境中能够“苏醒”过来发挥作用。
2、用市售酸奶时，一定要注意买最新出厂的冷藏酸奶，因为随着储藏时间的延长和储藏温度的上升，其中活菌数会不断下降，影响制作酸奶时的效果。一定要注意，那些常温下销售的酸奶就不要用来做种了，因为它们的活菌数已经严重下降，不能保证制作酸奶的安全性。
酸奶制作的基本要求是有足够多的保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌，所以买两种基本菌的菌粉即可。其他的保健菌，如嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、某些乳酪乳杆菌的菌株等，研究证明它们如果能够定植在人体大肠中的话，的确对健康有益。
不过，如果需要这些菌的好处，前提是发酵后能够有足够的活菌数。可是，这些菌的最适发酵条件不一定和前面说的这两种基本菌一样。特别双歧杆菌，它们属于严格厌氧菌，也就是说，一见到氧气就会死亡。
