一、先天性无阴茎畸形
此种病人除无阴茎外，还可能合并其他泌尿生殖器、直肠与肛门、心血管系统以及下肢畸形。对于能够成活下来的病人来说，最好的治疗方法是转归为女性，其手术包括睾丸切除及外阴成形等。
二、隐匿阴茎畸形
包茎及阴茎发育短小等症，除影响排尿外，对性生活影响也较大。治疗方法是进行综合性减肥治疗，必要时可实施阴茎成形术并辅以内分泌治疗。儿童患者应尽量在青春期前完成手术。
三、双阴茎畸形
对双阴茎畸形要做全面的体格检查，以得出全面的诊断。治疗单纯性双阴茎畸形比较简单，可保留较粗壮的一侧而将另一侧切除。
四、小阴茎畸形
一般认为，新生儿阴茎的长度小于1cm，进入青春期后阴茎长度小于5cm，直径亦较小，但尿道及开口正常者，即称为小阴茎畸形。
五、阴茎的弯曲畸形
其治疗方法主要是实施包括切除影响阴茎伸直组织在内的阴茎整形术。
六、包茎及包皮过长
这是临床最常见的男性生殖器先天性畸形。两种畸形的包皮虽然都覆盖阴茎，但是有包茎者其包皮不能翻至龟头以上。应采取积极的治疗态度。包茎与包皮过长一般是采取手术矫形，其治疗效果比较满意。
