1、遗传因素
肠易激综合征有明显的家族集聚倾向。国外33%的患者有家族史，国内与此接近，而且同一家族中肠易激综合征患者的临床表现雷同。
2、感染因素
约1/4肠易激综合征患者的症状起自胃肠炎、痢疾或其它直接影响胃肠功能的疾病。研究认为各种细菌、病毒感染因素可引起肠黏膜下巨细胞或者其它炎性细胞所释放的细胞因子，可能引起肠道功能紊乱而发生肠易激综合征。
3、精神因素
研究认为，本病症状发作或加重均与情绪紧张有关，焦虑、抑郁、激动、恐惧等情绪不安因素刺激机体，影响了植物神经功能，从而引起结肠和小肠的运动功能改变及分泌功能的失调。
4、饮食因素
食物本身并不引起肠易激综合征。肠易激综合征患者可因乳糖酶缺乏发生乳糖类消化不良，很多病人可因进食或刺激性食物发作，可能对某种或多种食物不耐受，致使肠腔扩张和肠蠕动正常功能发生紊乱而发病。
5、神经和内分泌因素
研究表明，便秘型肠易激综合征与胆碱能神经异常有关，而腹泻型则与肾上腺能神经异常有关。更主要的是本病与内分泌激素如血管活性肠肽、胆囊收缩素、P物质、生长抑素、胃动素及5-羟色胺等含量异常有密切联系。
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