焉耆县人民医院始建于1952年12月，是一所集医疗、教学、康复、保健、社区服务为一体的二级甲等综合医院。医院占地总面积37000平方米，建筑面积28600平方米，其中医疗用房14770.47平方米，绿化面积已达65%以上。目前编制床位300张，固定资产5500万元。现有职工464名，其中在编职工291名，聘用职工173名，主任医师职称7名，副主任医师职称29名，中级职称58名，研究生学历4名，大学本科生60名，大学专科生125名。
焉耆县人民医院设有内一科、内二科、内三科、外一科、外二科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤肛肠科、急诊科、手麻科、药剂科、功能科、放射科、检验科、病理科等20个临床、医技、门诊科室和三个社区卫生服务站，并设有党政办公室、医务科、护理部、感染管理控制科、病案室、财务科、科教科、网络室、后勤服务科等十个职能科室。
焉耆县人民医院拥有先进的双排配置西门子螺旋CT机、西门子乳腺机、美国GE数字化B超诊断仪、美国产顺康前列腺三晶片气化电切镜、腹腔镜、美国史乐辉关节镜、意大利产HD113D成像超声诊断系统、意大利产移动式X光机、意大利产C型臂(带数字减影)、意大利产直接数字化X线摄影系统（DR）、GE500mA X光机、日立7080、7020全自动生化仪、24小时动态心电图、日产胃镜、血液透析机、体外碎石机、高压氧舱、鼻窦镜等大型医疗设备150余台（件）。先进的医疗设备为疾病的诊断提供了依据，促进了医疗技术水平的提升。目前我院已自行开展胸腰椎爆裂骨折经前路、后路椎体次全切椎管减压植骨内固定术、复杂四肢及骨盆骨折手术、关节镜下行半月板切除成形术、高血压脑出血立体定向钻孔引流术、脑积水腹腔分流术、脑胶质瘤及大脑凸面脑膜瘤切除术、腹腔镜下行胆囊切除术、小儿疝疝口关闭术、阑尾切除术、经后腹膜肾囊肿去顶减压术，经尿道前列腺汽化电切术、消化及泌尿系各种癌症根治术、卵巢囊肿剔除术、子宫肌瘤挖除术、子宫全切术、立普刀及宫腔镜手术、白内障摘除加人工晶体植入术、上睑下垂矫正术等手术，在开展微创手术方面名列全疆县级医院前列。同时，与专家合作开展了人工全膝关节置换术、关节镜下行前后交叉韧带重建术、骨巨细胞瘤切除人工植骨融合术、甲状腺腺叶全切及根治术、经输尿管镜气压胆道碎石术、食道癌根治术、宫颈癌及卵巢癌根治术、鼻窦镜行鼻甲部分切除术、鼻中隔矫正术、上颌窦开创引流术等具有三甲医院医疗技术水平的高难度复杂手术，在骨科、神经外科、肝胆外科、泌尿外科等学科领域走在了全疆县级医院的前列。
焉耆县人民医院不断拓宽对外交流途径与渠道，先后与北京解放军304医院，上海复旦大学中山医院、儿童医院，河北省人民医院、第二、第三附属医院，河北廊坊眼科医院等建立了业务指导关系。2005年8月成为四川大学华西医院远程教学会诊定点医院。与新疆自治区人民医院、新疆医科大学一附院、二附院、附属肿瘤医院、新疆建工医院、乌鲁木齐市儿童医院等多家医院建立了对口支援与技术协作关系，聘请了原新疆医科大学一附院CT室主任、影像主任医师洪润环教授，原巴州人民医院院长、心血管内科主任医师张宗藩，原巴州人民医院脑外科主任、神经外科主任医师杨盼来，原农二师医院病理科主任、病理副主任医师张志高、原巴州人民医院超声科主任、心脏彩超副主任医师齐锦华5位在医疗学术界享有较高声望的专家、教授常年坐诊。并根据临床工作需要经常聘请疆内外资深知名专家来院讲学、会诊、查房、手术及解决疑难问题。通过内强素质、外树形象，医院各项工作取得了显著的成效。2007年医院门诊人次133778人次，与去年同期相比增加5944人次，增长率为4.65%；出院人次为11151人次，与去年同期相比增加2398人次，增长率为27.4%;手术人次为2361人次，与去年同期相比增加343人次，增长率为17%；床位使用率为113.15%。2007年总收入为3932.37万元，较去年同期增长760.68万元，增长率为23.98%，其中医疗收入2052.42万元，占总收入的52.19%，药品收入1146.23万元，占总收入29.15%，财政补助工资629.60万元，占总收入的16.01%。
焉耆县人民医院先后被授予卫生部“二级甲等医院”、自治区级“文明单位”、“卫生红旗单位”、“无烟医院”、自治州“五佳医院”、“继续医学教育先进单位”、“助残先进单位”、“花园式单位”、自治县“行风评议优秀单位”等荣誉称号。焉耆县医院领导班子和全体职工将振奋精神，决心在深化医疗体制改革的实践中以一流的服务、一流的技术、一流的设备、一流的环境为各族人民群众提供优质、高效、便捷、满意的医疗服务。同时将工作中心转移到思想建设、业务建设、作风建设、人才建设、和谐医院、和谐医患关系上，使医院逐步向园林式、花园式、环保式生态医院迈进，为建成焉耆盆地中心医院而奋斗。
